“塞防”與“海防”之爭就此掀起。

極端的和平主義者李鴻章認為：“新疆乃化外之地，茫茫沙漠，赤地千裏，土地瘠薄，人煙稀少。乾隆年間平定新疆，傾全國之力，徒然收數千裏曠地，增加千百萬開支，實在得不償失。依臣看，新疆不複，與肢體之元氣無傷，收回伊犁，更是不如不收回為好。”而左宗棠則不同意李鴻章的“新疆貧瘠論”，他認為：“天山南北兩路糧產豐富，瓜果累累，牛羊遍野，牧馬成群。煤、鐵、金、銀、玉石藏量極為豐富。所謂千裏荒漠，實為聚寶之盆。”而且從戰略意義上考慮：“我朝定鼎燕都，蒙部環衛北方，百數十年無烽燧之警……是故重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以衛京師。……若新疆不固，則蒙部不安，匪特陝、甘、山西各邊時虞侵軼，防不勝防，即直北關山，亦將無晏眠之日。而況今之與昔，事勢攸殊。俄人拓境日廣，由西向東萬餘裏，與我北境相連，僅中段有蒙部為之遮閡。徙薪宜遠，曲突宜先，尤不可不豫為綢繆者也。”

麵對舉棋不定的清廷，左宗棠說“天山南北兩路糧產豐富，瓜果累累，牛羊遍野，牧馬成群。煤、鐵、金、銀、玉石藏量極為豐富。所謂千裏荒漠，實為聚寶之盆。”從戰略意義上考慮：“我朝定鼎燕都，蒙部環衛北方，百數十年無烽燧之警……是故重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以衛京師。……若新疆不固，則蒙部不安，匪特陝、甘、山西各邊時虞侵軼，防不勝防……。而況今之與昔，事勢攸關。俄人拓境日廣，由西向東萬餘裏，與我北境相連。徙薪宜遠，曲突宜先，尤不可不豫為綢繆者也。”麵對舉棋不定的清廷，左宗棠慷慨陳詞，堅決主張打擊沙俄氣焰：“若此時即擬停兵節餉，自撤藩籬，則我退寸，而寇進尺。”終於，害怕失去國土、背上曆史罵名的清政府決定與俄國人賭上一把，畢竟是在自己的國土上，勝算還是大點。1875年，朝廷正式任命左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務。這一次，清政府是豁出去了，麵對經費不足，皇帝甚至禦批道：“宗棠乃社稷大臣，此次西征以國事而自任，隻要邊地安寧，朝廷何惜千萬金，可從國庫撥款五百萬，並敕令允其自借外國債五百萬。”可見什麽時候都是軟的怕硬的，硬的怕橫的，橫的怕不要命的。清廷這一次不要命了，北極熊還不是乖乖服軟，可見事在人為。

左宗棠認識到這場戰爭將是“拚經濟”“拚後勤”的戰爭，他要求精簡部隊，速戰速決，而且對軍糧運輸非常關注。左宗棠事先命西征軍前鋒部隊駐軍哈密並興修水利、屯田積穀。僅1876年一年就收獲糧食5160餘石，基本上可以解決該部半年軍糧所需。

左宗棠令劉錦棠率所部湘軍分批出嘉峪關，經哈密前往巴裏坤，會合金順所部先取北路；命張曜部固守哈密，防敵由吐魯番東犯。阿古柏得悉清軍西進，即由阿克蘇趕至托克遜部署防禦：以白彥虎等率部分兵力防守烏魯木齊等北疆要地，阻擊清軍；以一部兵力防守勝金台、辟展一線；主力2萬餘人分守達阪、吐魯番、托克遜，成犄角之勢。1876年8月上旬，劉錦棠、金順二部清軍從阜康出發，采取聲東擊西的戰法，避開供水困難的大道，走雖然敵人嚴密防守但水源充足的小道，出敵意外地迫近烏魯木齊北麵重地古牧地。掃清敵外圍據點後，用大炮轟塌城’牆，17日從缺口衝人城內，一舉殲敵5000餘人，並乘勝於18日收複烏魯木齊。爾後，左宗棠命劉錦部駐守烏魯木齊，防止阿古柏軍北犯，並繼續清剿山中殘敵；命金順揮軍西進。9月初，金順部開始攻瑪納斯南城，月餘不克。後劉錦棠、伊犁將軍榮全先後增援會攻，於11月6日占領該城。至此，天山北路為阿古柏軍占領之地全部收複。時臨冬季，大雪封山，劉錦棠等就地籌糧整軍，以待來年進軍南疆。

左宗棠的並沒有就此停止，他的心思轉到如何保證新疆的長治久安上麵。左宗棠設立善後局，重建地方秩序，醫治戰爭創傷，發展生產，恢複經濟。一方麵招撫當地流散人員，給予土地耕種，另一方麵招募內地人民，收留清軍中老弱士卒，鼓勵地方軍隊中有妻室者解甲歸田。務農人員的增加和內地先進農業技術的傳播，給新疆各地恢複和發展生產帶來了活力。左宗棠始終把“興修水利以除民患”，列入‘‘最為切要之務”。荒地開墾為良田，戈壁變成了綠洲，新疆各族人民過上了安居樂業的太平生活。這些舉措為穩定局勢、恢複經濟發揮了作用。